主人公朝仓纯一进入风间学院，继续过着自己的校园生活。他的流行语“太困了”消失了，变成了一个外向、勤奋、热爱运动的年轻人。此时此刻，他的两个姐妹，两年前离开的朝仓银梦
小舞非常钦佩她的祖母，希望她能成为自己的主人，并教会自己如何成为一个女巫。就这样，小舞开始了和奶奶一起修行的生活。然而，让小武没有想到的是，奶奶安排的“课程”除了早睡早起、锻炼身体、过上规律的生活之外，没有其他事情可做。每天，他们在森林里自由玩耍，从早到晚工作，休息。奶奶还告诉小武要坚定地遵从自己的内心。之后，这个精神抖擞的小舞蹈回到了学校，当她再次见到祖母时，她终于给她上了最后一课——死亡。
4人の「王」が交錯した学園島事件以降、白銀のクランズマンである夜刀神狗朗とネコは、生死不明となった主であり「白銀の王」のであるシロの行方を追っていた。しかし、なかなかその手がかりをつかめず、気を落としていた2人は、「赤の王」を主とする能力者集団「吠舞羅（ホムラ）」のメンバーである鎌本力夫と櫛名アンナが、何者かに追われている場面に遭遇し……。監督はテレビ版に続き鈴木信吾、アニメーション制作は「マルドゥック・スクランブル」のGoHands。
